Ta renesansowa świątynia to najwyższa budowla Starego Miasta. Mimo to pozostaje niejako w cieniu leżącej tuż obok katedry. Takie miało być zalecenie o. Piotra Skargi SJ, który rzekomo powiedział, że kościół ten ma dominować, ale nie przytłaczać sąsiadującej z nim świątyni. Początki kościoła sięgają początku XVII wieku. Za katedrą znajdowała się wówczas niewielka uliczka, której teren miasto darowało zakonowi Jezuitów w 1598 roku. W 1602 roku zakon dokonał zakupu znajdującej się po drugiej stronie owej uliczki kamienicy. Następnie, w 1609 roku kamienicę tę wyburzono i rozpoczęto na jej miejscu wznoszenie kościoła. Inicjatorem tego przedsięwzięcia był między innymi Piotr Skarga. Budowlę wzniesiono w stylu późnorenesansowym, z okazałą kopułą i smukłą wieżą. Budowę finansował między innymi król Zygmunt III Waza.
Kamień węgielny pod kościół pod wezwaniem Narodzenia NMP i Św. Ignacego (biskupa i męczennika), obecnie NMP Łaskawej, poświęcono w 1609 roku. Ukończenie budowy i konsekracja nastąpiły w roku 1626. W 1627 roku, po wyburzeniu kolejnej kamienicy przy Świętojańskiej, dobudowano do świątyni trzy kaplice. W roku 1633 natomiast dobudowano kruchtę, a w 1636 we wnętrzu wybudowano chór muzyczny. Przez pierwszą połowę XVII wieku trwało wyposażanie wnętrza świątyni, niestety, w 1656 roku zostało ono zdewastowane przez Szwedów. Wiek XVIII to okres przywracania kościołowi jego świetności i kolejnych przeróbek. Między innymi dobudowano wtedy do świątyni kolejne dwie kaplice.
Po 1773 roku, kiedy to dokonano kasaty zakonu Jezuitów, kościół kilkakrotnie przechodził z rąk do rąk. Między innymi był kościołem szkolnym, potem zdegradowano go do roli składu sprzętów kościelnych, a jeszcze później przekazano zakonowi Pijarów. Jezuici odzyskali go dopiero po I wojnie światowej. W latach 20-tych i 30-tych XX wieku kościół był ponownie remontowany, jednak w czasie Powstania Warszawskiego w 1944 roku został doszczętnie spalony. Do jego odbudowy Jezuici przystąpili w 1948 roku i trwała ona do 1957 roku. Do roku 1973 roku trwało ponowne wyposażanie wnętrz. W przeciwieństwie do sąsiedniej katedry, kościół Jezuitów odbudowano po wojnie zgodnie z jego przedwojennym wyglądem, w renesansowej formie.